Опубликовал более 300 работ, в том числе более 20 монографий по археологии (в том числе по лингвоархеологии), истории первобытного общества, социокультурной антропологии, современной этнополитике. В последнее время специализируется в изучении «истории образов истории» этнонационалистических идеологий в России и СНГ, этничности и социальной памяти, идеологии национализма и межэтнических конфликтов. Этому был посвящён его доклад на Вики-конференции 2012 — Ловушки исторической памяти: этнонационализм и проблемы прошлого.
Хазарский миф: идеология политического радикализма в России и ее истоки. — М.: Мосты культуры-Гешарим, 2012. 312 с., ил.
Происхождение скотоводства: культурно-историческая проблема. Изд. 2-е доп. — М.: Книжный дом ЛИБРОКОМ, 2012. 338 с.
Возникновение производящего хозяйства (очаги древнейшего земледелия). Изд. 2-е доп. — М.: Книжный дом ЛИБРОКОМ, 2012. 448 с.
Русское родноверие: неоязычество и национализм в современной России. — М.: ББИ, 2012. XIV+302 с.
«Порог толерантности»: Идеология и практика нового расизма. — М.: НЛО, 2011. Т. 1. 552 с., Т. 2. 856 с.
Лица ненависти (антисемиты и расисты на марше). Второе издание, исправленное и дополненное. — М.: Московское Бюро по Правам Человека, Academia, 2010. — 336 с.
2010. В. А. Шнирельман, Ж. Б. Абылхожин, С. Н. Абашин, М. Золян, Т. Закарян, Н. Чиковани, К. Какителашвили. Многоликая Клио: бои за историю на постсоветском пространстве. — Брауншвейг: Ин-т им. Георга Эккерта, 2010. — 142 с.
2010. «Чистильщики московских улиц»: скинхеды, СМИ и общественное мнение. Второе издание, исправленное и дополненное. — М.: Academia. — 172 с. <http://www.antirasizm.ru/index.php/publications>
«Чистильщики московских улиц»: скинхеды, СМИ и общественное мнение. — М.: Academia, 2007. 116 с.
Национализм в мировой истории / под ред. В. А. Тишкова и В. А. Шнирельмана. — М.: Наука, 2007. 604 с.
Очерки современного расизма. — Петрозаводск: Скандинавия, 2006. — 64 с.
Лица ненависти (антисемиты и расисты на марше). — М.: Academia, 2005. 360 с.
Интеллектуальные лабиринты. Очерки идеологий в современной России. — М.: Academia, 2004. 480 с.
Шнирельман В. А. Войны памяти: мифы, идентичность и политика в Закавказье / Рецензент: Л. Б. Алаев. — М.: Академкнига, 2003. — 592 с. — 2000 экз. — ISBN 5-94628-118-6.
The Myth of the Khazars and Intellectual Antisemitism in Russia, 1970s — 1990s. Jerusalem: The Vidal Sassoon *International Center for the Study of Antisemitism, Hebrew University of Jerusalem, 2002. 200 pp.
The Value of the Past. Myths, Identity and Politics in Transcaucasia. Osaka: National Museum of Ethnology (Senri Ethnological Studies, № 57), 2001. 465 pp.—
Who gets the past? Competition for ancestors among non-Russian intellectuals in Russia. Washington D. C., Baltimore & London: Woodrow Wilson Center Press and Johns Hopkins University Press, 1996. 98 pp.
Шнирельман В. А. « Быть аланами. Интеллектуалы и политика на Северном Кавказе в XX веке»
Шнирельман В. А. «Светлые арийцы» и «посланцы темных сил»: заметки об особенностях современной антисемитской и расистской пропаганды
Шнирельман В. А. Ну, зачем же приписывать господствующие в Азербайджане взгляды «мировой науке»? (12 февраля 2013). Проверено 12 февраля 2013. Архивировано из первоисточника 15 февраля 2013.
Критика
Гутнов Ф. Тяжело быть аланом? (рецензия на книгу В. А. Шнирельмана «Быть аланами. Интеллектуалы и политика на Северном Кавказе в XX веке.»
Заметки на полях: Неоязычество на просторах Евразии // Вестник Евразии / Acta Eurasica. №1. Москва, 2002.
«Подспудное» и «гробовое» в панегирике Шнирельману (по книгам «Войны памяти» М., 2003 и «Быть аланами» М., 2006)